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洗滌是ELISA不同于均相免疫學檢測技術的一大特征，洗滌在整個ELISA反應過程中雖不是一個反應步驟，卻非常關鍵。其目的是去除反應體系中與反應無關的成分，包括未結合的酶結合物以及反應過程中非特異性吸附于固相載體的干擾物質。
洗滌液通常為含有一定濃度Tween 20 的緩沖液，Tween 20 是一種非離子去垢劑，既含親水基團，又含疏水基團，在洗滌中的作用機制是借助其疏水基團與經疏水性相互作用被動吸附于聚苯乙烯固相上蛋白分子的疏水基團形成疏水鍵，從而削弱蛋白分子與固相的吸附。同時在其親水基團與液相中水分子的結合作用下，促進蛋白質分子脫離固相而進入液相，最終被洗脫。必須注意非離子去垢劑的使用濃度，zui常用的洗滌液是含0.05 %Tween20，pH為中性的磷酸鹽緩沖液，如果洗滌液中的Tween20 超過0.2% ，可使包被于固相上的抗原抗體解吸附而影響實驗的測定下限。
洗滌可采用洗板機或手工洗滌兩種方式，手工洗板則分為浸泡式和流水沖洗式洗滌。無論洗板方式如何，在向板內注液時應當避免氣泡殘留孔內，否則會因洗滌液難以進入孔中而影響洗滌效果。在采用洗板機洗板時，要保證洗板機上的每個吸液針都能一致地插入板孔底部將洗液wan全吸凈，要求洗板后殘液小于2 μL，即人工扣板墊紙不濕，浸泡時間超過45 s。
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