elisa定量檢測試劑盒蛋白激索顯然是不均一的，其在血液循環中除了有生物學活性形式外，還有前激索、片段和亞單位。富甲狀腺索（PTH）、ACTH及其前體、催乳索和促胃液索的大的形式以及生長激索的拼接變異體等均可引起測定問題。使用單克隆抗體的兩位點雙夾心測定大大改善測定的特異性，例如使用抗絨毛膜促性腺激索的。和P亞單位的單抗建立的雙夾心方法將不會測定游離的亞單位。使用針對ACTH或PTH的氨基和羧基末端部分的兩個抗體建立的雙夾心方法則不會測定無生物學活性的片段。一般情況下，所希望測定的是具有生物學活性的成分，但有時為了某些特定的臨床目的，則需要有特異的試驗來測定降解產物，如hCG的核心成分。因此，為保證elisa定量檢測試劑盒測定的特異性，就不僅要求有具有生物學活性的激索標準晶，而且要有臨床上相關的降解產物的標準品。
某些血清蛋白有在等電點上不同聚合程度不同（如觸珠蛋白）的各種遺傳變異體，盡管這些變異體的比例不同會影響其免疫測定的結果，但這并不是血清蛋白免疫測定的突出問題。用于血漿蛋白測定的試驗通常使用多克隆抗血清，多克隆抗體測定不了蛋白結構上的微小差異。相反，使用單克隆抗體則有可能測不到某些變異體，這是血清蛋白免疫測定上的一個普遍問題糖蛋白的不均一性主要在于糖基化尤其是唾液酸含量的差異，唾液酸含量上的差異進而引起蛋白等電點和電泳移動性的差異。抗體通常對這些差異不敏感，因此，糖的不均一性對免疫反應性影響很小。然而蛋白上的糖鏈可通過修飾或覆蓋一個肽決定基而改變蛋白的免疫反應性。相反，黏蛋白的主要抗原決定基則由糖成分所組成。免疫測定實驗設計上小的差異也會引起多態性抗原測定結果上較大的差異，黏蛋白抗原CA125,CA19―9和CA15―3的測定可以很明確的證明這一點。例如，由不同組織產生的CA15―3含有不同數量的20個氨基酸的串聯重復序列，而試驗中測定抗原所用的單抗是用腫瘤細胞制備的，因而所測定的抗原是結構不太明確的大分子。盡管大多數試劑廠家均使用相同的標準品和抗體，但其相互之間的相關性很差，這很可能是由于elisa定量檢測試劑盒在實驗設計上的差異所致，因此每一種方法都應有各自的參考范圍值。