一般說，潔凈區面積較大，多用*空調凈化系統完成對各潔凈區的凈化消毒。其方法是將臭氧發生器直接安裝在*空調凈化系統的送、回風主管道中或凈化空調箱內中效過濾器后端，電源控制箱置于機房內。利用*空調凈化系統對潔凈區進行消毒，消毒時關閉約90%的新風進口閥門和對外排放閥門，使HVAC系統
與潔凈區形成內循環狀態。每日做空氣滅菌只需開機1~1.5小時左右，代替化學試劑熏蒸蒸作大消毒也只需2~2.5小時。用該方案滅菌的優點是：利用凈化風作為臭氧的載體（每分鐘約60m3的風量通過臭氧發生器即可），可以使臭氧迅速擴散到HVAC系統所控制的潔凈室內，而且臭氧濃度分布均勻，在潔凈區域內不增加任何消毒設備，即可達到潔凈室的滅菌目的；同時對HVAC系統起到殺滅雜菌和霉菌的效果。
實踐中發現，臭氧還能對過濾器起到溶菌疏導的作用，延長其使用壽命。空調系統臭氧應用量的計算方法設：V1為潔凈區空間體積，V2為HVAC系統空間體積，V3為保持潔凈區正壓所補充的新風對臭氧造成的損失。
則滅菌空間的總體積（V）計算為：V=V1+V2+V3
V3的確定：根據實踐，歸納出較為可靠的經驗公式如下：V3≈HVAC系統循環總風量m3/h*25%（常規新風更換率）×10-20%（保持潔凈區正壓補充的新風量）×39%（應用臭氧時臭氧半衰期的預算值），即V3=HVAC系統循環總風量×1~2%。
安裝臭氧發生器要求首先臭氧發生器安裝人員必須要經過技術培訓才能開機維修；使用臭氧發生器殺菌時，嚴禁工作人員在濃度較高的臭氧環境中上班和工作；切記設備保養或維修時 處理電源斷掉和把臭氧泄氣的狀態下進行，能夠很好的確保人員安全維修；如有異常，請立即斷電或者通知專業的人員進行檢修。
合格的接地線，安全可靠的接地，禁止安裝在氨氣易泄露或有發生爆炸危險的危險區，對工藝流程臭氧發生器的應用方法操作人員應知曉，并且能熟練的操作此臭氧消毒設備。如發生臭氧泄漏的情況需要*時間關閉臭氧發生器，并開啟通風設備進行通風處理后，即時退出臭氧發生器使用空間。
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