液體灌裝機是用來灌裝各類液體的，其中包括各類飲料、藥劑等等。因為灌裝的是液體，因此液體灌裝機容器定要保持清潔，所使用的灌裝容器必須經過嚴格檢查和清洗，不能使灌裝后的飲料被污染。
除了灌裝機的清潔，保持灌裝車間的干凈整潔也非常有必要。因為在生產過程中忌諱由于灌裝機本身質量問題導致生產線無法正常運行，因此在使用灌裝機時要注意滅菌、確保潔凈、低溫灌裝。
確保潔凈的方法主要有：
保持液體灌裝機管道潔凈，切管道尤其是與物料間接或直接接觸的管道，都要保持潔凈，每周要刷洗，每天要走水，每次要滅菌；確保灌裝機干凈，對其物料槽要進行刷洗和滅菌，保證與物料接觸的部分都不能有積垢和雜菌。
生產過程中要保證瓶裝飲料的生物穩定性滅菌是的方法，定要控制好滅菌的時間和溫度，確保終效果，還要避免殺菌時間過長或溫度過高，減少飲料氧化，當殺菌后要盡快冷卻使溫度不超過35℃以上。低溫灌裝是對飲品灌裝低要求，般情況下飲料在低溫環境中不易產品泡沫，有利于灌裝。
在灌裝機每次工作前，要用0～1℃的水使灌裝機槽與輸送管道溫度降低，當灌裝溫度超過4℃時應降低溫度后在進行灌裝操作。利用保溫槽，恒溫灌，使物料在灌裝的規定時間內保持定的恒溫，以免造成灌裝機因溫度變化過大而工作不穩定。另外，灌裝設備與其它設備隔，灌裝機的潤滑部分與灌裝物料部分應防止交叉污染，輸送帶的潤滑要用的肥皂水或潤滑油。