為保證噴霧干燥機干燥塔體及其管道和所有與成品接觸的部件的清洗，得到好的產品，有規則的清洗設備是十分必要的。當產品品種更換時，或是噴霧干燥機設備已經停產24h以上而未清洗的，應作一次全面*的清洗。
清洗方法，可根據實際選擇干洗、濕洗或化學洗。
干洗：用刷子、吸塵器清掃(適用于小型干燥機)。
濕洗：用60~80℃的熱水進行清洗。
化學洗：用堿液、酸液和各種洗滌劑清洗。其中，酸洗：將HNO3配成1~2%濃度的溶液，加熱溫度不超過65℃進行洗滌，然后用水清洗；堿洗：將NaOH配成0.5~1%濃度的溶液，加熱溫度不超過65℃進行洗滌，然后用清水清洗。
當進行濕洗和化學洗滌后，應將設備和各部件安裝好，進行高溫消毒，時間15~30min。
在清洗時，注意不能用氯及其化合物洗滌。
空氣過濾器的清洗，應按周圍環境條件，即空氣含塵量的高低而定，一般含量高的3~6星期清洗一次，含塵量低的6~8星期清洗一次。其中的不銹鋼細絲，用堿洗法洗滌后，仍應均勻地敷設到空氣過濾器的框架內，并噴以輕質錠子油或真空泵