1、注射速度慢時，會使樣品的汽化過程變長，導致樣品進入色譜柱的初始譜帶變寬。正確的注射方法應當是：取樣后，一手持注射器（防止汽化室的高氣壓將針芯吹出），加一只手保護針尖（防止插入隔墊時彎曲），先小心地將注射針頭穿過隔墊，隨即以快的速度將注射器插到底，與此同時迅速將樣品注射入汽化室（注意不要使針芯彎曲），然后快速拔出注射器。注射樣品所用時間及注射器在汽化室停留的時間越短越好，且每次注射的過程越重現越好。
2、取樣準確而重現 即取樣量要準確，抽取樣品的速度要重現，以保證進樣的重現性。特別是黏度大的樣品，要避免在注射器中形成氣泡。防止產生氣泡的辦法是將注射器插入樣品溶液，多次推拉針芯，推下時要快，拉起時要慢。后可能會有很小的氣泡在針管中，不易除去。這時可以取多于實際進樣量的樣品（比如，進樣量為1μl，可取２－３μl樣品），然后將針尖朝上，用手指輕輕彈擊針管氣泡就會跑到液體的上方。再將多余的樣品推出針管，氣泡也就排出去了。這跟護士打針時避免將空氣注射進體內的道理是一樣的。要使取樣量準確，也是這樣倒置注射器，使視線與針管中的液面處于同一水平上。然后，推壓針芯到所需刻度。至于針尖外面粘附的一部分樣品，可用一片濾紙快速擦拭而除去（注意不能讓濾紙吸去針管內的樣品），也可不管它，因為它會被進樣隔墊擦去（但這會加速隔墊的老化），而隔墊的問題則由隔墊吹掃來解決。
3、避免樣品之間相互干擾 如果進樣時注射器內有上一個樣品的殘留組分，就會干擾下一個樣品的分析，帶來定量誤差。在色譜中這叫做記憶效應，是必須消除的。具體辦法是洗針。取樣前先用樣品溶劑洗針到少3次（抽滿針管的三分之二，再排出）。再用要分析的樣品洗針至少3次，然后取樣（多次上下抽動），這樣基本上可消除記憶效應。如果同時幾個樣品進行分析，且要交替進樣（如用外標法分析時，可能對標樣和實際樣品交替進樣），則是每個樣品各使用一個注射器，既能避免樣品之間的相互干擾，又不至于消耗太多的樣品（可用的樣品量小時，這是要考慮的問題）。
4、選擇合適的注射器 GC分析常用的是10μl微量注射器，其進樣量一般不要小于1μl。如果進樣量要控制在此1μl以下，就應采用５μl或者1μl的注射器．此時要注意，５μl或１μl的注射器往往是將樣品抽在針尖內，因此觀察不到針管中的液面，故很可能抽入氣泡．取樣時反復推拉針芯，以確保針尖內沒有氣泡．
５、減少注射歧視　所謂注射歧視是指注射針插入ＧＣ進樣口時，針尖內的溶劑和樣品中的易揮發組分首先開始汽化；無論注射速度多快，不同沸點的組分總是有汽化速度的差異。當注射完畢抽出針尖時，注射器中殘留樣品的組成就與實際樣品的組成有所不同。顯然，高沸點組分殘留的要多一引起。換句話說，進入色譜柱的樣品中的高沸點組分含量可能低于實際樣品，從而造成定量分析的誤差。如果能保證每次進樣的速度嚴格一致辭（如用自動進樣器），經標樣校正后，可忽略這一歧視作用。但用手動進樣時，這是難以達到的。所以必要時應使用熱針進樣或溶劑沖洗進樣技術。前者是指取樣前先將注射針插入汽化室預熱一定時間，然后再按正常方法進樣；后者則是取樣前先在注射器中抽入一定量的溶劑，再抽取樣。這樣在注射樣品時，溶劑有可能將樣品全部沖洗進入汽化室。相比之下，溶劑沖洗進樣的操作較為簡單有效，但應注意所用溶劑量太大會造成色譜柱超載。