石墨爐加熱方法有多種，最主要、的是橫向加熱和縱向加熱兩種。橫向加熱和縱向加熱各有優缺點。這里只討論一般的橫向加熱石墨爐儀器的特征量優于縱向加熱儀器的原因。

有些高溫元素在縱向加熱的原子吸收儀器上要求3000℃才可以原菜子化，而橫向加熱的原子吸收儀器的石墨管溫度只有2650℃，是否能對要求3000℃的元素原子化？我們說，縱向加熱的原子吸收石墨管的溫度可以達到3000℃，是指石墨管中心點處的溫度，而不是指整個石墨管（長28mm）都能達到3000℃。如前所述，縱向加熱的原子吸收石墨管里的溫度是正態分布的，溫度梯度很大，即使管子中心的溫度是3000℃，但是因為兩端有冷卻水流過，所以兩端的溫度也只有2500℃。而橫向加熱的原子吸收石墨管里的溫度基本上是均分布的，雖然石墨管中心的溫度只有2650℃，但是橫向加熱的原子吸收石墨霤(長17mm)的溫度梯度小（這是橫向加熱石墨爐的主要優點），即使管子中心的溫度是2650℃，兩端的溫度也能達到2500℃。就整個管子的平均溫度而言，橫向加熱原子吸收石墨管里的溫度，不比縱向加熱原子吸收石墨管里的溫度低。相反，因為它的溫度均勻（溫度梯度小），石墨管兩端沒有冷卻水流過，所以整個墨管里的總原子化溫度、原子化效率都很高（2500℃以上）。同時，某些高溫元素縱向加熱時要求原子化溫度為3000℃，應該理解為該元素要求2500℃左右的溫度才能原子化。因為如果真正要求3000℃才能原子化的話，那么要么縱向加熱石墨管的中心溫度將大大超過3000℃（3500℃以上），要么只是石墨管中心點上的分子才能原子化，其余地方都不能原子化，這種原子化效率太低，使靈敏度不能達到使用要求。另外，元素的原子化溫度不能太高，否則會產生多布勒增寬，反而會使峰變矮，靈敏度降低。