流動注射分析儀用于測定地表水、地下水、飲用水和環境水中的氰、揮發酚、陰離子表面活性劑、氨氮、化學需氧量、硫化物、總磷、總氮、硝酸鹽/亞硝酸鹽、六價鉻等成分。
常見干擾及消除
1.經預處理的樣品，若仍有顏色，會使測定結果偏高(若顏色與最后分光檢測的樣品顏色近似或相同，誤差更大)。可采用空白校正消除干擾：即c=c1-c2，其中：c為待測物的濃度；c1為按照常規方法測得樣品濃度；c2為實驗用水代替顯色劑，其余步驟同上測得其對應濃度(即樣品的本底)。
2.某些樣品粘稠度較高，抽濾只能分離水樣的懸浮顆粒物，進入自動控制的溶液若不滿足澄清、透明，無疑會使待測物透光率降低、吸光度增加、分析結果偏高。流動注射分析儀以下兩種消除方法任選一種：
(1)用過濾代替抽濾、沉淀劑為Al(OH)3懸濁液或Zn(OH)2懸濁液；
(2)將抽濾后的水樣離心分離，取其上清液分析。
3.Cu、Pb、Cd等重金屬均是常見的干擾因素。除電鍍等富含金屬離子的工業廢水須加入特殊的螯合劑外，緩沖溶液中的掩蔽劑EDTA通常可消除大多數試樣中金屬離子的干擾。
進樣量、采樣時間的影響
1.只需了解大致范圍、無需準確測量的樣品，其樣品采集時間、探針清洗時間可設置為最小值，以提高效率，加快分析速度。
2.同一批分析樣品若來源復雜，待測物濃度相距較遠，為避免交叉污染、清洗時間和采樣時間可略長一些，必要時需用不同的校準曲線分別校正、分別測定以保證數據質量。
3.分析濃度在檢測限附近的的低含量樣品(如海水、飲用水)，需選擇低濃度校準曲線，同時適當增加進樣管長度、延長采樣時間，多次測量以減少偶然誤差。
4.高含量樣品分析可選擇較短的進樣管長度或微量進樣管，若濃度超出校準曲線高點，則不能將曲線外延，只能選用自動或手工稀釋。流動注射分析儀為減小自動稀釋產生的誤差，通常一個樣品選擇兩三個不同的稀釋倍數，取其平均值。最后的分析數據須有較好的精密度，否則只能采用手工稀釋方法。
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