離子色譜分離原理是基于離子色譜柱（離子交換樹脂）上可離解的離子與流動相中具有相同電荷的溶質離子之間進行的可逆交換和分析物溶質對交換劑親和力的差別而被分離。適用于親水性陰、陽離子的分離。例如檢驗亞硝酸鹽，樣品溶液進樣之后，首先亞硝酸根離子與分析柱的離子交換位置之間直接進行離子交換（即被保留在柱上），然后被淋洗液中的OH-基置換并從柱上被洗脫。對樹脂親和力弱的分析物離子先于對樹脂親和力強的分析物離子依次被洗脫，如F-，cl—，然后是亞硝酸根離子，硝酸根離子，這就是離子色譜分離過程。 離子色譜儀主要由流動相傳送部分、分離柱、檢測器和數據處理四大部分組成，分離原理也是通過流動相和固定相之間的相互作用，使流動相中的不同組份在兩相中重新分配。由于各組份在分離柱中的滯留時間有所區別，從而達到分離的目的。在將分離后的各個成分依次通過一高靈敏度的檢測器時就可檢測出各離子成分的濃度來，它具有高效、快速、準確的優點。
離子色譜儀的工作原理是將流動相以穩定的流速(或壓力)輸送至分析體系,在色譜柱之前通過進樣器將樣品導入,流動相將樣品帶入色譜柱,在色譜柱中各組分被分離,并依次隨流動相流至檢測器,抑制型離子色譜則在電導檢測器之前增加一個抑制系統,即用另一個高壓將再生液輸送到抑制器,在抑制器中,流動相的背景電導被降低,然后將流出物導入電導檢測池,檢測到的信號送至數據系統記錄、處理或保存。
離子色譜儀壓力指示異常的原因：
1、恒流泵單向閥污染。如果淋洗液或水中有少量的固體雜質，有可能污染單向閥。單向閥污染后會產生壓力不穩定，甚至壓力為0的現象。解決的方法是更換單向閥或將單向閥取下后清洗后再裝上。
2、六通進樣閥堵塞。在開泵狀態下卸開每一個孔路，觀察流液情況進行確定和相應的沖洗處理。
3、色譜柱入口處濾膜堵塞。將色譜柱取下并擰下柱頭，小心取出其中的濾膜，放人1：1的硝酸中浸泡，超聲波清洗30min后，用去離子水沖洗后裝上；或將色譜柱反接后沖洗。此方法建議專業的人來完成，使用者不要輕易使用。
4、抑制器或電導池流路系統處有地方卡死。方法檢查色譜柱后面部分，觀察每個接頭的地方是不是有被卡死的現象，并做想應的疏通處理。接頭不要卡的太緊了。
離子色譜是高效液相色譜的一種，故又稱高效離子色譜(HPIC)或現代離子色譜，其有別于傳統離子交換色譜柱色譜的主要是樹脂具有很高的交聯度和較低的交換容量，進樣體積很小，用柱塞泵輸送淋洗液通常對淋出液進行在線自動連續電導檢測。
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