在進行液相色譜分析時，有時會遇到這樣一個問題：系統的流路中存在氣泡。由于氣泡的存在，會造成色譜圖上出現尖銳的噪聲峰，嚴重時會造成分析靈敏度下降；氣泡變大進入流路或色譜柱時會使流動相的流速變慢或不穩定，使基線起伏。
造成液相色譜儀分析中存在氣泡的主要原因有三條：
首先：流動相溶液中往往因溶解有氧氣或混入了空氣而形成氣泡
為了避免這類問題的出現，液相色譜實際分析過程中必須重視對流動相進行脫氣處理。
常用的脫氣方法有以下幾種：
1、吹氦脫氣法使用在液體中比空氣溶解度低的氦氣，在0.1Mpa壓力下，以約60ml/min流速通入流動相10-15min以驅除溶解的氣體。此法使用于所有的溶劑，脫氣效果較好，但在國內因氦氣價格較貴，本法使用較少
2、加熱回流法此法的脫氣效果較好
3、抽真空脫氣法此時可使用微型真空泵，降壓至0.05-0.07MPa即可除區溶解的氣體。顯然使用水泵連接抽濾瓶和G4微孔玻璃漏斗可一起完成過濾機械雜質和脫氣的雙重任務。由于抽真空會引起混合溶劑組成的變化，故此法適用于單一溶劑體系脫氣。對多元溶劑體系應預先脫氣后再進行混合，以保證混合后的比例不變。
4、超聲波脫氣法它是目前實驗室使用廣泛的脫氣方法，將配制好的流動相連同容器一起放入超聲波水漕中脫氣10-20min即可。該方法操作簡便，基本能滿足日常分析的要求。
5、在線真空脫氣法把真空脫氣裝置串聯到儲液系統中，并結合膜過濾器，實現了流動相在進入前的連續真空脫氣。此法的脫氣效果明顯優于上述幾種方法，并適用于多元溶劑體系。
第二、在液相色譜系統開始工作前，可以用注射器連接恒流泵的排空閥，抽入流動相，將流路中的空氣驅趕干凈。
第三、在注入樣品前注意排出樣品注射器中的空氣。
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