前文說過了質譜是怎么做到定量分析的，下面我們來看看具體的定量方法。常用的定量方法有兩種，外標法與內標法。

1. 外標法

用已知量的標準樣品A和未知量的待測樣品A分別進行實驗；我們會得到以下三個信息：標準樣品的量（已知）；標準樣品的信號強度；待測樣品的信號強度。（假設樣品的響應=常數*濃度，從這三個信息即可算出待測樣品的量。）

為了更加精確地測定未知量的樣品，我們希望標準樣品的信號強度與待測樣品的信號強度盡量接近（以減少非線性響應的影響）。因此常用的外標法會測量一系列已知量的標準樣品，繪制一條工作曲線，再用擬合的方法確定未知樣的量。

2. 內標法

外標法主要有以下兩方面的局限：1標樣和待測樣是獨立進行實驗的，實驗間的偶然誤差無法消除；2標樣和待測樣的基質（即除待分析物外的其它成分）不同，基質有可能會帶來不同的影響，也會產生誤差。

那么，如果我們把已知量的標準樣品B直接加入待測樣品A，就可以把標準樣品和未知樣品的測定在同一次實驗和同樣基質中完成，也就消除了兩次實驗和基質不同造成的誤差，這就是內標法。

（如果加入的標準樣品和待測樣品是同種物質A，那么由于它們不可區分，只通過一次實驗是不能定量待測樣的，這時我們在加入標樣前后分別進行兩次測量，即測量待測樣及待測樣+標樣的信號，即可計算出待測樣的量。）

質譜相關的特殊定量細節

同位素稀釋

前面內標法的介紹中我們可以發現，理想的內標物既要和待測樣相同（具有相同的響應系數）又要不同（儀器可以區分二者的信號），這對矛盾的集合體就是同位素內標。

由于不同同位素的化合物具有近似相同的物理化學性質，離子化時的響應通常也是相同的，而它們具有不同的質荷比m/z，即可在質譜中被區分出來。因此同位素標準品是理想的內標物。

另外，由于某些元素的天然同位素分布有一定的比例，當我們加入一定量的同位素內標時，可以把對信號強度的測量轉化為對信號相對比例的測量，從而提高實驗的準確性。

選擇反應監測

在不太復雜的體系中，我們只要按照分子量就可以定性某種化合物了。但對于復雜混合物（如石油產品/生物樣品）而言，很多化合物具有相同或相近的質量（同分異構體質量相同，有些化合物分子量非常接近，如CO和N2，要考慮儀器的質量分辨率是否能區分二者），此時僅靠測量質量就不能確定這個化合物是否就是我們關心的“the one”了。

在串聯質譜 (Tandem MS) 儀器中，我們不僅可以把質譜儀理解為一個稱量離子的“天平”，它還具有了離子“鑷子”（選擇某個特定的離子把它分離出來）和“剪刀”（把某個/某些離子激活并打成碎片）的功能。

通過母離子和子離子的兩步選擇，我們可以在復雜體系中精確定位到我們關心的化合物，同時，兩次離子選擇還可減少復雜基質的干擾，降低背景噪聲（獲得更低的檢出限）并提高方法的動態范圍。因此選擇反應監測是目前色譜（氣相色譜/液相色譜）-質譜聯用中常用的定量方法。