二手液質聯用儀是樣品通過液相色譜分離后的各個組分依次進入質譜檢測器，各組分在離子源被電離，產生帶有一定電荷、質量數不同的離子。不同離子在電磁場中的運動行為不同，采用質量分析器按不同質荷比（m/z）把離子分開，得到依質荷比順序排列的質譜圖。通過對質譜圖的分析處理，可以得到樣品的定性和定量結果。
1.開機：
質譜儀的開機首先開氣，再開機械泵，再打開質譜儀的電源，等真空度達到后再開啟分子渦輪泵，等真空度達到后才可以進行調諧校正，一般至少需要抽12個小時才能達到。每次開機后都需要校正后才能使用質譜儀。
2、樣品測試過程：
（1）與液相色譜聯用時，流動相需要先用<0.45μm的膜過濾，需要區別有機膜和水膜，樣品也同樣需要過濾或者用>10000rpm的轉速離心去掉固體雜質。
（2）流動相不能用難揮發的酸或鹽，如磷酸鹽和硼酸鹽，液相常用的TFA會抑制離子電離，也不建議使用；表面活性劑在質譜中響應很高，尤其是ESI源，所以所有管和器具的清洗不能用洗潔精，用來改善分離和色譜峰形的離子對試劑也應慎用。與質譜聯用時建議使用的是甲酸、乙酸、甲酸銨、乙酸銨和氨水等。
（3）根據選用的離子源調整液相方法，ESI源一般用0.3~0.6mL/min，常規HPLC分析柱的規格是5μm，4.6×250mm的，一般流速都是1mL/min，可以采用柱后分流的方式來調整進入質譜的流量。同時要根據進入質譜的流量和樣品性質調整霧化氣溫度和霧化氣的流量。
3、樣品測試結束后，需要清洗進樣管路，清洗后停泵，待離子源溫度降低后再選擇待機狀態。
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