生物安全柜是為操作原代培養物、菌毒株以及診斷性標本等具有感染性的實驗材料時，用來保護操作者本人、實驗室環境以及實驗材料，使其避免暴露于上述操作過程中可能產生的感染性氣溶膠和濺出物而設計的。
實驗室選擇生物安全柜時應詳細了解從事傳染性微生物工作中的生物安全級別所包括的主要要素，根據給個人、環境、社會提供的保護情況選取不同級別的生物安全柜。
生物安全一級(BSL-1):適合用于非常熟悉的病源，該病源不會經常引發健康成人疾病，對實驗人員和環境潛在危險小，實驗室沒有必要和建筑物中的一般行走區分開，一般按照標準的分級生物操作在開放的實驗室臺面上開展工作。不要求一般也不使用特殊的抑制設備和設施(生物安全柜)。
生物安全二級(BSL-2):適合于對人和環境有中度潛在危險的病源。與BSL-1的區別在于:①實驗人員均應接受過病源處理方面的特殊培訓，并由有資格的工作者指導。②進行實驗時限制進入實驗室。③對于污染的銳器應特別注意。④某些可能產生傳染性氣溶膠或飛濺物的過程應在生物安全柜中或其他物力抑制設備中進行，可選用Ⅰ、。
生物安全三級(BSL-3):應用于臨床、診斷、教學、研究或者生產設施，在該級別中開展有關內源性和外源性病原的工作。若因暴露而吸入該病原會引發嚴重的可能致死的疾病。實驗人員應在處理致病性的可能使人致死的病原方面受過專業訓練，并由對該病原工作有經驗的有資格的科學工作者監督。所有與傳染源操作有關的步驟都在生物安全柜或其他物理抑制裝置中進行，應該選用二級或二級以上生物安全柜，實驗室需要特殊設計和施工，室內為負壓。
生物安全四級(BSL-4)應用于對生命有高度危險的危險性病原或外源性病原。可通過氣溶膠而致實驗室感染或未知傳染風險，且引起致命的有關病原，應選用三級生物安全柜及正壓服裝，如SARS病毒對人或環境具有中度潛在危險，對攜帶該病毒的患者樣本處理均應在生物安全二級(BSL-2 )或二級以上實驗室中進行，為了對操作人員和環境及樣品均提供有效的保護，實驗室應選用二級以上或全排風式生物安全柜(B2型)。
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