熒光定量PCR儀主要有傳統的96孔板式、創新的離心式等,每種設計都有它的獨到之處但也都有無法避免的缺憾。
傳統的96孔板的熒光定量PCR可以容納的樣本量大,而且無需特殊的耗材。有些傳統的96孔板的儀器采用鹵鎢燈激發、CCD檢測,這些光學結構在96孔板的頂部,每個樣品孔距光源和檢測器的光程各不相同——邊緣效應,對結果產生影響。為了保證精確、準確的實驗結果,這類儀器在實驗過程中通常會使用ROX(一種熒光染料)或專用的Reference dye作為參照校正實驗結果。鹵鎢燈的使用壽命短、更換成本較高已經成為很多用戶頭痛的問題。在實驗過程中鹵鎢燈作為一種熱光源,產生較多熱能對實驗結果有一定的影響。CCD蕞大的優點就是可以同時掃描所有樣品中的熒光信號,但是靈敏度較低,而且同時檢測樣品間的熒光信號存在干擾。
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