生態環境保護督察一般包括督察準備、督察進駐、下沉督察、督察報告、督察反饋、整改落實等6個程序環節。

督察準備工作主要包括5個事項，一是向黨、有關部門和單位了解被督察對象的有關情況及其問題線索；二是組織開展必要的摸底排查；三是確定組長、副組長人選，組成生態環境保護督察組，開展動員培訓；四是制定督察工作方案；五是印發督察進駐通知，落實督察進駐各項準備工作。

生態環境保護督察進駐時間，一般由具體督察任務確定。根據之前督察進駐的時間來看，一般是一個月時間。

在督察進駐期間，主要是聽取被督察對象工作匯報和有關專題匯報，與被督察對象黨政主要負責人和其他有關負責人進行個別談話，受理人民群眾生態環境保護方面的信訪舉報，調閱、復制有關文件、檔案、會議記錄等資料，對有關地方、部門、單位以及個人開展走訪問詢，針對問題線索開展調查取證，并可以責成有關地方、部門、單位以及個人就有關問題做出書面說明。

在督察進駐期間，督察組還可以召開座談會，列席被督察對象有關會議，到被督察對象下屬地方、部門或者單位開展下沉督察，并提請有關地方、部門、單位以及個人予以協助；針對督察發現的突出問題，還可以視情對有關黨政干部實施約見或者約談。

督察進駐結束后，督察組應當在規定時限內形成督察報告，如實報告督察發現的重要情況和問題，并提出意見和建議。

督察報告應當以適當方式與被督察對象交換意見，經生態環境保護督察工作小組審議后，報黨、。

督察報告經黨、批準后，由生態環境保護督察組向被督察對象反饋，指出督察發現的問題，明確督察整改工作要求。

督察結果作為對被督察對象班子和干部綜合考核評價、獎懲任免的重要依據，按照干部管理權限送有關門和人事部門。

被督察對象應當按照督察報告，抓緊研究制定整改方案，在督察反饋會后30個工作日內報送黨、。

被督察對象應當按照督察整改方案要求抓好整改落實工作。

整改方案和整改落實情況，都要按照有關規定向社會公開。

生態環境保護督察辦公室應當對督察整改落實情況開展調度督辦，并組織抽查核實。對整改不力的，視情采取函告、通報、約談、專項督察等措施，壓實責任，推動整改。

督察組還要加強邊督邊改工作。對督察進駐過程中人民群眾舉報的生態環境問題，以及督察組交辦的其他問題，被督察對象應當立行立改，堅決整改，確保有關問題查處到位、整改到位。