Ct值是qPCR擴增過程中，擴增產物的熒光信號達到設定的熒光閾值時的所對應的擴增循環數（Cycle Threshold）。

CT值與有關要素：

    閾值循環數Threshold cycle (Ct) 也寫作Cq值，熒光信號大于熒光閾值時PCR循環數。儀器軟件通常將第3-15個循環的熒光值設為基線（baseline），是由于測量的偶然誤差引起的。閾值（threshold）一般是基線的標準偏差的10倍。在實際操作中也可以手動調節。高于閾值的熒光信號被認為是真實的信號，用于定義Ct值。Ct會受到閾值的影響，每次試驗由于樣品和儀器的不同會導致基線不同，進而影響閾值和Ct值。

    模板的Ct值與該模板的起始拷貝數的對數存在一定線性關系,起始模板量濃度越高，Ct值越小；起始模板量濃度越低，Ct值越大。PCR循環在到達Ct值所在的循環數時，剛剛進入真正的指數擴增期（對數期），此時微小誤差尚未放大，Ct值的重現性較好，即相同含量的初始模板，得到的Ct值是相對穩定的。

    Ct值不是恒定不變的，可以受到不同樣品、不同儀器的影響，即使相同的樣品在相同的儀器上重復2遍，Ct值也會存在差異。