如果液相色譜儀器的系統出現了故障說明這個液相色譜儀器系統的某些部位的性能偏離了儀器出廠設計指標，或者是系統由于各種原因停止工作，因為液相色譜儀器的系統指標不可能只有一項，有時候有很多項。每一項和其它項目指標都有著明確的聯系，如果要證明液相色譜儀系統的好壞，我們必須要根據出廠指標或者國家有關部門規定的技術指標好試驗方法進行檢驗。凡是不能夠達到液相色譜儀出廠標準的或者國家技術規定的試驗方法，都可以統稱為儀器出現了故障。只不過這些故障有大，有小。對于使用它的人可能會出現不同的參數，我們在這里強調的是檢測檢驗方法能夠達到國家認可的。比方：國家有關部門規定液相色譜儀的檢測的方法，鑒定規則。環境檢測標準。有關國家標準和供應商提供的檢驗方法。

    正常情況來說。液相色譜儀器的試驗方法分為總則、主機性能試驗、檢測器性能試驗和環境性能試驗四章。在相關的試驗方法中明確規定了液相色譜儀器系統的各項指標合格與否的判斷依據與結論。在使用中還需注意由于用戶與生產廠家的立場不間，對于一些可能的問題有時會有理解仁的分歧。

    液相色譜儀器發生故障時需要進行檢修或故障排除，檢修人員要依照一定的程序對液相色譜儀器進行一系列診斷測試。該測試過程一直將延續到故障原因被發現;發現故障原因后.采取正確的故障排除措施。在診斷測試整個過程中，所有按次序排列的診斷語言的集合被稱為故障診斷對策。