離子色譜儀的工作過程如下:以穩定的流速(或壓力)將流動相輸送到分析系統，樣品通過進樣器引入色譜柱前。流動相將樣品帶入色譜柱，在色譜柱中組分被分離，并隨流動相依次流向檢測器。在抑制型離子色譜中，在電導檢測器之前增加了一個抑制系統，即使用另一個高壓將再生液輸送到抑制器。在抑制器中，流動相的背景電導率降低。
　　分離原理是基于離子交換樹脂可分離離子與流動相中帶有相同電荷的溶質離子之間的可逆交換，以及分析物溶質與交換劑的親和力差異。離子色譜主要用于分離親水性陰離子和陽離子。分離機理是離子交換，目前有三種分離方法:高效離子交換色譜(HPIC)、離子排斥色譜(HPIEC)和離子對色譜(MPIC)。
　　三種分離方法的柱填料的樹脂骨架基本上都是苯乙烯-二乙烯苯共聚物，但樹脂的離子交換官能團和容量不同。低容量離子交換樹脂用于HPIC，高容量樹脂用于HPIEC，不含離子交換基團的多孔樹脂用于MPIC。這三種分離方法基于不同的分離機理。HPIC的分離機理主要是離子交換，HPIEC主要是離子排斥，而MPIC主要是吸附和離子對形成。
　　高效離子交換色譜(hPCE):應用離子交換原理，以低交換容量的離子交換樹脂分離離子，這是泛應用于離子色譜。填料的主要類型為有機離子交換樹脂，以苯乙烯-二乙烯苯共聚物為骨架，將磺酸基引入苯環，形成強酸性正離子交換樹脂，將叔胺基引入苯環，形成季胺型強堿性負離子交換樹脂，交換樹脂的物理結構為大孔或薄殼型或多孔表層型，以促進快速交換平衡。離子交換樹脂耐酸堿，可在任何酸堿值范圍內使用。它易于回收，使用壽命長。離子交換色譜法是的離子色譜。

　　離子進行排斥色譜：主要可以根據Donnon膜排斥心理效應，電離組分受排斥自己不被保留，而弱酸則有我們一定程度保留的原理，制成離子排斥色譜技術主要包括用于實現分離有機酸分析以及一些無機含氧酸根，如硼酸根碳酸根和硫酸根有機酸等。它主要研究采用高交換系統容量的磺化H型陽離子交換樹脂為填料，以為淋洗液。