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摘要圖神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)(GNN)的主流訓練框架,如DGL和PyG,利用GPU的并行處理能力從圖數(shù)據(jù)中提取結(jié)構(gòu)信息,在推薦系統(tǒng)、自然語言處理、計算化學和生物信息學等領(lǐng)域展現(xiàn)出卓越性能。

  【儀表網(wǎng) 研發(fā)快訊】2月11日,中國科大蘇州高等研究院醫(yī)學影像智能與機器人研究中心DDL實驗室團隊(Data Darkness Lab)在大規(guī)模圖神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)訓練系統(tǒng)方面的研究論文“Capsule: an Out-of-Core Training Mechanism for Colossal GNNs”被國際知名學術(shù)會議ACM International Conference on Management of Data(SIGMOD)2025錄用。
 
示意圖:Capsule系統(tǒng)工作流框架
 
  圖神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)(GNN)的主流訓練框架,如DGL和PyG,利用GPU的并行處理能力從圖數(shù)據(jù)中提取結(jié)構(gòu)信息,在推薦系統(tǒng)、自然語言處理、計算化學和生物信息學等領(lǐng)域展現(xiàn)出卓越性能。盡管GPU在GNN訓練中提供了強大的計算優(yōu)勢,但其有限的顯存容量難以容納龐大的圖數(shù)據(jù),因而現(xiàn)有GNN系統(tǒng)在大規(guī)模圖數(shù)據(jù)上的擴展性方面仍面臨挑戰(zhàn)。對此,DDL實驗室團隊提出了一種新的核外(Out-of-Core)GNN訓練框架——Capsule,為大規(guī)模圖神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)訓練提供了高效的解決方案。與現(xiàn)有的核外GNN框架不同,該系統(tǒng)通過圖劃分和圖裁剪策略將訓練子圖結(jié)構(gòu)及其特征完全放入GPU顯存之中從而消除了反向傳播過程中CPU與GPU之間的I/O開銷,進而顯著提升了系統(tǒng)性能。此外,Capsule通過設(shè)計基于最短哈密頓回路的子圖加載方式和流水線并行策略,進一步優(yōu)化了性能。同時,Capsule具備即插即用的特性,能夠無縫集成至主流開源GNN訓練框架中。在大規(guī)模真實圖數(shù)據(jù)集上,Capsule與現(xiàn)有最好的系統(tǒng)相比能夠在僅使用22.24%的內(nèi)存下帶來最高12.02倍的性能提升,并提供了關(guān)于訓練所得嵌入方差的理論上界。
 
  計算機科學與技術(shù)學院碩士生向泳安和人工智能與數(shù)據(jù)科學學院博士生丁澤中為論文共同第一作者,通訊作者為生物醫(yī)學工程學院謝希科研究員,其他合作者還包括人工智能與數(shù)據(jù)科學學院碩士生郭睿和王上游以及生物醫(yī)學工程學院周少華教授。中國科學技術(shù)大學為唯一單位。DDL實驗室已連續(xù)兩年成功在SIGMOD上發(fā)表關(guān)于圖計算系統(tǒng)的高水平研究成果,顯示了在該領(lǐng)域的研究能力。
 
  注:SIGMOD是數(shù)據(jù)管理領(lǐng)域國際公認的最高水平學術(shù)會議之一,由美國計算機協(xié)會(ACM)數(shù)據(jù)管理專業(yè)委員會在1975年發(fā)起并舉辦,具有悠久的歷史和很高的影響力。在中國計算機學會(CCF)推薦的“數(shù)據(jù)庫/數(shù)據(jù)挖掘/內(nèi)容檢索”A類學術(shù)會議中,SIGMOD位居首位。

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