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DAP-seq技術(shù)服務(wù)常見問題解答：從樣本準(zhǔn)備到數(shù)據(jù)分析2025/07/16: 想做DAP-seq實(shí)驗(yàn)，卻滿腦子疑問？別擔(dān)心，這篇攻略為你一次性解答所有關(guān)鍵問題，助你輕松開啟實(shí)驗(yàn)之旅！一、DAP-seq是什么？能幫我解決啥問題？DAP-seq技術(shù)的核心原理先在體外表達(dá)帶有特定標(biāo)簽（如His、Halo標(biāo)簽）的目的蛋白，讓其與標(biāo)簽配體結(jié)合后，再與基因組DNA共同孵育，最后洗脫結(jié)合的DNA片段進(jìn)行高通量測(cè)序和生物信息分析。核心優(yōu)勢(shì)它能幫你快速鎖定轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合位點(diǎn)，找到其調(diào)控的下游靶基因。更給力的是，這項(xiàng)技術(shù)無需特異性抗體，無需轉(zhuǎn)基因材料，即可揭示轉(zhuǎn)錄因子與DNA的互作網(wǎng)絡(luò)，如今

國自然熱門領(lǐng)域解析：一文讀懂組蛋白修飾的奧秘2025/07/16: 組蛋白修飾是表觀遺傳調(diào)控的核心機(jī)制之一，通過共價(jià)修飾（如甲基化、乙酰化等）改變?nèi)旧|(zhì)結(jié)構(gòu)，從而精確調(diào)控基因表達(dá)，決定細(xì)胞的功能和發(fā)展方向。作為國家自然科學(xué)基金重點(diǎn)支持的研究領(lǐng)域，其分子機(jī)制和生物學(xué)功能已成為當(dāng)前生命科學(xué)研究的焦點(diǎn)。接下來，我們就來深入了解組蛋白修飾的具體情況。組蛋白結(jié)構(gòu)組蛋白是染色質(zhì)的核心組成成分，其結(jié)構(gòu)為基因調(diào)控奠定了堅(jiān)實(shí)的物質(zhì)基礎(chǔ)。染色質(zhì)由DNA與蛋白質(zhì)組成的復(fù)合物，核小體作為染色質(zhì)的基本結(jié)構(gòu)單元，由147個(gè)堿基對(duì)的DNA緊密纏繞在組蛋白八聚體上構(gòu)成。這種結(jié)構(gòu)使得長達(dá)數(shù)米的D

[應(yīng)用指南] Ribo-seq在神經(jīng)科學(xué)方向的研究思路2025/07/11: Ribo-seq簡介Ribo-seq（RibosomeProfiling，核糖體印跡測(cè)序，翻譯組測(cè)序），通過識(shí)別與核糖體結(jié)合的mRNA，對(duì)正在翻譯的RNA片段（即核糖體保護(hù)片段，RibosomeProtectFragments,RPFs）進(jìn)行捕獲和測(cè)序分析。其核心原理是利用低濃度RNase處理核糖體-新生肽鏈復(fù)合物時(shí)，未被核糖體覆蓋的mRNA會(huì)被降解，而被核糖體保護(hù)的約28~30bp的RNA小片段，即核糖體足跡（ribosomefootprints，RFP）得以保留。Ribo-seq技術(shù)的革命性

【科研手冊(cè)】系統(tǒng)發(fā)育分析——MEGA保姆級(jí)使用教程2025/07/11: 在生物學(xué)研究中，系統(tǒng)發(fā)育分析是揭示物種進(jìn)化關(guān)系的核心手段，而MEGA（MolecularEvolutionaryGeneticsAnalysis）軟件憑借其強(qiáng)大功能與友好界面，成為科研人構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹的得力助手。無論是剛?cè)腴T的科研小白，還是想提升分析效率的老手，這篇全流程教程都能幫你輕松掌握MEGA系統(tǒng)發(fā)育分析的核心操作！一、前期準(zhǔn)備：數(shù)據(jù)與軟件就位1.數(shù)據(jù)獲取首先，需要準(zhǔn)備用于分析的序列數(shù)據(jù)，可以是DNA、RNA或蛋白質(zhì)序列。常見的數(shù)據(jù)來源包括NCBI數(shù)據(jù)庫、Ensembl數(shù)據(jù)庫等。下載數(shù)據(jù)時(shí)

ChIP-seq還是ChIP-qPCR？如何選擇？2025/07/08: 在生命科學(xué)研究領(lǐng)域，探究蛋白質(zhì)與DNA之間的相互作用，是理解基因表達(dá)調(diào)控機(jī)制的關(guān)鍵。染色質(zhì)免疫沉淀（ChIP）技術(shù)作為研究這一相互作用的經(jīng)典方法，衍生出了ChIP-seq和ChIP-qPCR兩種重要技術(shù)手段。當(dāng)我們面對(duì)實(shí)驗(yàn)需求時(shí)，究竟該選擇ChIP-seq還是ChIP-qPCR呢？不少科研人員常常陷入“選擇困難”。別擔(dān)心！看完這篇文章，你就能輕松get選擇的關(guān)鍵要點(diǎn)！一、概念解析ChIP-seq即染色質(zhì)免疫沉淀測(cè)序，將ChIP與高通量測(cè)序結(jié)合。先在活細(xì)胞中固定蛋白質(zhì)-DNA復(fù)合物，超聲或酶切染色

DAP-seq助力揭示多年生黑麥草轉(zhuǎn)錄因子LpNAC22增強(qiáng)耐旱性的分子機(jī)制2025/07/08: 2025年6月10日，西北農(nóng)林科技大學(xué)秦濤教授團(tuán)隊(duì)在Plant,Cell&Environment發(fā)表了題為“NACTranscriptionFactorLpNAC22PositivelyRegulatesDroughtToleranceinPerennialRyegrass”的研究論文。該研究從多年生黑麥草中分離出干旱誘導(dǎo)的NAC轉(zhuǎn)錄因子LpNAC22，借助DAP-seq系統(tǒng)解析了LpNAC22通過調(diào)控LEA家族基因增強(qiáng)耐旱性的分子機(jī)制，為牧草抗旱分子育種提供了關(guān)鍵理論依據(jù)與基因靶點(diǎn)。研究背景多

[收藏] DAP-seq技術(shù)從原理到應(yīng)用的實(shí)戰(zhàn)攻略2025/07/07: 一、技術(shù)原理在植物科學(xué)的研究中，解析轉(zhuǎn)錄因子與DNA的互作機(jī)制，是構(gòu)建基因表達(dá)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的核心基礎(chǔ)。傳統(tǒng)的ChIP-seq技術(shù)依賴高質(zhì)量特異性抗體，這一局限性使非模式植物的研究面臨巨大挑戰(zhàn)。DAP-seq（DNAAffinityPurificationSequencing，DNA親和純化測(cè)序）技術(shù)的出現(xiàn)，為研究模式和非模式植物基因表達(dá)調(diào)控機(jī)制，提供了高效解決方案。DAP-seq的原理是通過體外表達(dá)出含有標(biāo)簽（如His、Halo標(biāo)簽）的目的蛋白，并將其與標(biāo)簽特異性配體結(jié)合，然后富集DNA，使用高通量

蛋白互作研究全攻略：常用方法+避坑指南2025/06/30: 在生命微觀尺度下，蛋白質(zhì)是極為關(guān)鍵的生物大分子，廣泛參與細(xì)胞結(jié)構(gòu)維系、物質(zhì)轉(zhuǎn)運(yùn)、新陳代謝催化、信號(hào)傳導(dǎo)調(diào)控等生命活動(dòng)，是生命活動(dòng)的重要基石。蛋白質(zhì)功能的發(fā)揮依賴蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用（PPI），PPI參與細(xì)胞內(nèi)眾多生理過程，如基因表達(dá)調(diào)控、信號(hào)傳導(dǎo)調(diào)控等。以信號(hào)傳導(dǎo)為例，細(xì)胞接收信號(hào)后通過蛋白質(zhì)間有序的相互作用傳遞放大信號(hào)，引發(fā)生理響應(yīng)，因此PPI是細(xì)胞正常生理功能實(shí)現(xiàn)的核心機(jī)制，異常時(shí)易引發(fā)多種疾病。探究其作用機(jī)制和規(guī)律是生命科學(xué)領(lǐng)域的重要課題。蛋白質(zhì)相互作用可以分為穩(wěn)定相互作用和瞬時(shí)相互作用

Plant Physiol | DAP-seq和RNA-seq聯(lián)合助力揭示黃瓜皮色調(diào)控新機(jī)制2025/06/23: 研究背景黃瓜不僅為全球廣泛種植的蔬菜之一，也是中國重要的蔬菜作物之一，具有重要的經(jīng)濟(jì)價(jià)值。果皮顏色是黃瓜品質(zhì)性狀的重要標(biāo)準(zhǔn)，它能夠大大影響消費(fèi)者的選擇，具有重要的商品價(jià)值。果皮的顏色主要取決于色素的含量和形成，其中葉綠素、類胡蘿卜素和類黃酮化合物等的含量是影響果皮顏色的主要因素。目前雖已鑒定出多個(gè)調(diào)控果皮顏色的基因，但其參與顏色調(diào)控的分子機(jī)制尚不明確。文獻(xiàn)解讀2025年6月，中國農(nóng)業(yè)大學(xué)任華中/劉興旺團(tuán)隊(duì)在PlantPhysiology發(fā)表了題為“ThetranscriptionfactorCs

【技術(shù)干貨】表觀轉(zhuǎn)錄組之m6A甲基化修飾（一）2025/06/16: m6A(N6-Methyladenosine)甲基化修飾已成為近年來科研圈的“明星”（通過Pubmed檢索"m6A"關(guān)鍵詞，可以看出近10年內(nèi)m6A的文章逐年增長，作為表觀轉(zhuǎn)錄組中化學(xué)修飾之一，m6A在多種生理過程中發(fā)揮著調(diào)控基因表達(dá)的關(guān)鍵作用。在了解m6A甲基化修飾之前，我們先了解一下什么是表觀轉(zhuǎn)錄組。表觀轉(zhuǎn)錄組表觀轉(zhuǎn)錄組（Epitranscriptome）指RNA分子上所有可逆化學(xué)修飾的集合，這些修飾不改變RNA序列，但可以通過調(diào)控基因表達(dá)（如翻譯、降解、剪接等）發(fā)揮作用。RNA修飾廣泛存在

Plant Journal | DAP-seq助力揭示紫花苜蓿MsMYB35調(diào)控花藥發(fā)育的分子機(jī)制2025/06/16: 研究背景紫花苜蓿（MedicagosativaL.）作為全球重要的優(yōu)質(zhì)牧草之一，其雜交育種對(duì)提升產(chǎn)量和品質(zhì)至關(guān)重要。然而，作為異花授粉的異源四倍體作物，苜蓿的基因組復(fù)雜性使其雄性不育的分子機(jī)制長期成謎。花藥發(fā)育作為植物生殖的核心過程，涉及絨氈層分化、花粉壁形成等精密環(huán)節(jié)，而MYB家族轉(zhuǎn)錄因子在擬南芥等模式植物中已被證實(shí)為關(guān)鍵調(diào)控因子，但在苜蓿中仍未得到充分研究。文獻(xiàn)解讀2025年3月17日，吉林農(nóng)業(yè)大學(xué)徐博教授團(tuán)隊(duì)在PlantJournal發(fā)表了題為“Anther-specificexpress

【科研干貨】蛋白與DNA互作驗(yàn)證全攻略：常用方法+避坑指南2025/06/16: 在生命科學(xué)領(lǐng)域，蛋白質(zhì)與DNA的相互作用構(gòu)成了生命活動(dòng)的分子基礎(chǔ)，精準(zhǔn)調(diào)控著基因表達(dá)、細(xì)胞命運(yùn)決定和遺傳信息傳遞等關(guān)鍵生物學(xué)過程。這種精密的分子互作機(jī)制不僅維持著生物體的正常生理功能，更在揭示生命本質(zhì)、開發(fā)疾病診療新策略（如靶向藥物設(shè)計(jì)）、推動(dòng)農(nóng)業(yè)遺傳改良（如作物抗逆基因調(diào)控）等領(lǐng)域提供了重要的理論依據(jù)。當(dāng)我們通過DAP-seq、ChIP-seq、Cut&Tag等高通量測(cè)序技術(shù)或者其他研究方法篩選到蛋白質(zhì)與DNA的相互作用后，在進(jìn)行點(diǎn)對(duì)點(diǎn)驗(yàn)證（即特定蛋白-特定DNA位點(diǎn)的互作驗(yàn)證）時(shí)，常用的經(jīng)典

Plant Physiol | DAP-seq助力揭示番茄果實(shí)成熟調(diào)控新機(jī)制2025/06/10: 研究背景番茄是全球廣泛種植的作物，其肉質(zhì)果實(shí)富含類胡蘿卜素、維生素和酚類化合物，具有重要的經(jīng)濟(jì)價(jià)值。成熟是一個(gè)復(fù)雜且受到嚴(yán)格調(diào)控的發(fā)育過程，會(huì)顯著改變果實(shí)的顏色、質(zhì)地、風(fēng)味和香氣。這一過程由植物激素和遺傳調(diào)控因子之間的復(fù)雜相互作用驅(qū)動(dòng)。C2H2型鋅指轉(zhuǎn)錄因子在植物生長、發(fā)育和抗逆性中具有重要作用，但其在果實(shí)成熟中的具體功能仍缺乏研究。文獻(xiàn)解讀2025年1月，中國農(nóng)業(yè)大學(xué)園藝學(xué)院郭仰東/張娜團(tuán)隊(duì)在PlantPhysiology（IF=6.5）發(fā)表了題為“ProteinphosphatasePP2C

J. Adv. Res. | DAP-seq助力解析大麥HvbZIP87基因讓小麥抗病又高產(chǎn)的新機(jī)制2025/06/03: 研究背景小麥?zhǔn)侨蚍秶鷥?nèi)消費(fèi)量最大,廣泛種植的糧食作物之一。然而由于種植品種單一、全球氣候變暖等原因，小麥條銹病、葉銹病、白粉病等葉部真菌病害在我國不同麥區(qū)均有發(fā)生，嚴(yán)重威脅我國小麥生產(chǎn)與糧食安全。SAR是植物的一種廣譜防御機(jī)制，在初次接觸病原體后被激活。盡管SAR在模式植物如擬南芥中已被廣泛研究，但在小麥和大麥等禾本科作物中的分子機(jī)制仍不明確。如何利用植物SAR過程關(guān)鍵基因提升作物抗病水平，是植物免疫學(xué)領(lǐng)域從抗病分子機(jī)制研究到關(guān)鍵基因開發(fā)利用的重要科學(xué)問題。文獻(xiàn)速遞2025年5月6日，河北農(nóng)大

Plant Physiol | DAP-seq助力揭示楊樹根系抗旱新機(jī)制2025/05/26: 在全球氣候變暖背景下，干旱已成為威脅植物生長的重大挑戰(zhàn)。在植物中，根系是干旱脅迫信號(hào)的主要感知器，其發(fā)育直接影響抗旱能力。然而，在樹木中不定根（ARs）和側(cè)根（LRs）對(duì)非生物脅迫的協(xié)調(diào)反應(yīng)所依據(jù)的理論仍不清晰。近日，東北林業(yè)大學(xué)-楊靜莉研究團(tuán)隊(duì)在PlantPhysiology（IF=6.5）發(fā)表題為PuUBL5-mediatedZINCFINGERPROTEIN1stabilityiscriticalforrootdevelopmentunderdroughtstressinPopulusus

探秘表觀遺傳研究2025/05/19: 經(jīng)典遺傳學(xué)理論認(rèn)為，DNA堿基序列作為遺傳信息的載體可以將親代性狀遺傳給子代。近年來，隨著對(duì)染色質(zhì)和組蛋白的深入研究，表觀遺傳學(xué)逐漸興起。表觀遺傳是指在DNA序列不發(fā)生改變的前提下，基因表達(dá)和表型發(fā)生可遺傳變化的現(xiàn)象。在表觀遺傳研究領(lǐng)域，選擇合適的研究技術(shù)至關(guān)重要。DAP-seq、ChIP-seq、CUT&Tag、ATAC-seq是表觀遺傳研究的常用技術(shù)，該如何選擇呢？接下來，小編將深入剖析這些技術(shù)，助您找到表觀遺傳研究的得力“助手”。一、技術(shù)原理?DAP-seq：體外探索蛋白-DNA互作的先鋒

Mol Hortic | DAP-seq助力揭示軟棗獼猴桃果實(shí)變色機(jī)制2025/05/19: 軟棗獼猴桃近年來備受青睞，它果實(shí)小巧，皮薄多汁，富含花青素，口感清甜，深受消費(fèi)者喜愛。目前，雖然已有部分獼猴桃種質(zhì)基因組相關(guān)研究，但對(duì)于軟棗獼猴桃，尤其是紅色果肉品種的基因組解析仍存在空白！2025年4月，中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院鄭州果樹研究所齊秀娟團(tuán)隊(duì)在MolecularHorticulture（IF=10.6）期刊發(fā)表了題為“Chromosome-levelgenomeassemblyassistingfordissectingmechanismofanthocyaninregulationinkiw

文章分享|ChIP-seq：如何解開擬南芥復(fù)制應(yīng)激謎團(tuán)？2025/05/13: 2023年7月，在《MolecularPlant》期刊上發(fā)表的一篇研究論文“DistinctiveａndcomplementaryrolesofE2Ftranscriptionfactorsduringplantreplicationstressresponses”，該研究以擬南芥為對(duì)象，探究E2FA和E2FB轉(zhuǎn)錄因子在植物應(yīng)對(duì)復(fù)制應(yīng)激反應(yīng)中的作用。DNA精確復(fù)制對(duì)生物遺傳穩(wěn)定性至關(guān)重要，但多種因素會(huì)引發(fā)復(fù)制應(yīng)激，威脅基因組完整性。植物受脅迫時(shí)觸發(fā)的DDR可能與復(fù)制應(yīng)激增加有關(guān)，其DDR依賴AT

一文速覽 CUT&Tag 技術(shù)！2025/05/13: 在表觀遺傳學(xué)的研究領(lǐng)域中，蛋白質(zhì)與DNA的相互作用一直是探索基因表達(dá)調(diào)控奧秘的關(guān)鍵所在。而CUT&Tag（CleavageUnderTargets&Tagmentation）技術(shù)，即靶向剪切及轉(zhuǎn)座酶技術(shù)，作為一種高效的研究手段，正逐漸成為眾多科研人員的得力助手。什么是CUT&Tag技術(shù)？CUT&Tag技術(shù)是一種高效研究蛋白質(zhì)與DNA相互作用的表觀遺傳學(xué)方法。它憑借自身的技術(shù)原理和顯著優(yōu)勢(shì)，在生命科學(xué)研究領(lǐng)域大放異彩。核心原理l抗體引導(dǎo)靶向結(jié)合使用特異性抗體（一抗）識(shí)別并結(jié)合目標(biāo)蛋白（如轉(zhuǎn)錄因子、

三大技術(shù)如何聯(lián)手揭開PAC1腫瘤免疫的神秘面紗？2025/05/13: 在醫(yī)學(xué)研究前沿，腫瘤免疫治療是備受矚目的“主戰(zhàn)場(chǎng)”。科研人員努力尋找新靶點(diǎn)和治療新機(jī)制，卻困難重重。腫瘤微環(huán)境抑制T細(xì)胞功能，讓宿主抗腫瘤防線脆弱。T細(xì)胞功能障礙的真相不明，現(xiàn)有免疫治療手段難以治愈腫瘤。此時(shí)，尋找T細(xì)胞特異性抑制途徑成為破局關(guān)鍵。而CUT&Tag、ATAC-seq和ChIP-seq這三大技術(shù)，宛如三把“神兵利器”，在這場(chǎng)與腫瘤的較量中發(fā)揮了關(guān)鍵作用。經(jīng)典文獻(xiàn)解讀2020年1月，在《NatureImmunology》發(fā)表的題為“ThephosphatasePAC1actsasaT

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