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文章分享 | Ribo-seq與RNA-seq聯(lián)合分析揭示uAUG-ds翻譯調(diào)控機(jī)制2024/06/14: 技術(shù)簡介RNA-seq主要從轉(zhuǎn)錄組水平分析基因的表達(dá)調(diào)控機(jī)制，檢測用于核糖體翻譯的RNA序列及二級結(jié)構(gòu)。Ribo-seq主要用于檢測核糖體翻譯的起始位置、翻譯富集區(qū)和翻譯終止位置。RNA-seq與Ribo-seq聯(lián)合分析可以準(zhǔn)確檢測mRNA上游5’UTR區(qū)的uORFs翻譯調(diào)控結(jié)構(gòu)，揭示生物模式觸發(fā)免疫下的翻譯調(diào)控機(jī)制。文獻(xiàn)速遞2023年發(fā)表在Nature上的“PervasivedownstreamRNAhairpinsdynamicallydictatestart-codonselection”

文章分享 | 基于翻譯組學(xué)技術(shù)揭示小麥籽粒發(fā)育過程中的翻譯調(diào)控機(jī)制2024/06/06: 2023年發(fā)表在ThePlantCell上的“Thetranslationallandscapeofbreadwheatduringgraindevelopment”文章，發(fā)現(xiàn)了上游開放閱讀框（uORFs）、下游開放閱讀框（dORFs）和長鏈非編碼RNA中的開放閱讀框（lncORFs）等翻譯元件上新的翻譯調(diào)控事件。文章主要結(jié)論包括：l許多功能基因的翻譯以階段特異性的方式進(jìn)行調(diào)節(jié)。l小麥籽粒中廣泛存在的開放閱讀框（ORF）表達(dá)活躍。小麥籽粒發(fā)育中，上游開放閱讀框（uORFs）作為翻譯調(diào)控元件可以抑

楊樹miRNA在調(diào)控楊樹抗旱中的分子機(jī)制2024/05/28: 2024年3月6日，林木遺傳育種全國重點實驗室、北京林業(yè)大學(xué)生物科學(xué)與技術(shù)學(xué)院尹偉倫與夏新莉教授課題組在NewPhytologist（中科院一區(qū)，影響因子9.4）期刊發(fā)表了題為“ThemiR6445-NAC029moduleregulatesdroughttolerancebyregulatingtheexpressionofglutathioneS-transferaseU23ａndreactiveoxygenspeciesscavenginginPopulus”的研究論文，揭示了miR644

EMSA助力揭示楊樹扦插生根中LBD16介導(dǎo)通路的保守性2024/05/17: 2023年6月15日，北京林業(yè)大學(xué)林金星研究組、李曉娟研究組，中國科學(xué)院徐麟研究組聯(lián)合在TheInnovationLife期刊上在線發(fā)表了題為“TranscriptomeframeworkofrootregenerationrevealstheconservationoftheLBD16-mediatedpathwayinpoplarcuttings”的文章，揭示了楊樹扦插中不定根再生的轉(zhuǎn)錄組圖譜，并通過EMSA等一系列實驗證明了LBD16在促進(jìn)不定根再生方面的保守作用。扦插再生不定根是一種非常

DAP-seq助力揭示GhRCD1促進(jìn)棉花對鎘的耐受調(diào)節(jié)機(jī)制2024/04/29: 鎘（Cd2+）是環(huán)境中最常見的有害重金屬之一，嚴(yán)重威脅作物生產(chǎn)力和質(zhì)量以及食品安全。Cd2+容易被植物從土壤中吸收，并通過可食用的植物器官和谷物進(jìn)入食物鏈，對食品質(zhì)量、糧食安全和公共安全構(gòu)成威脅。植物修復(fù)是減少土壤污染的有效途徑之一。棉花作為一種重要的非食用經(jīng)濟(jì)作物，與糧食作物（小麥、水稻和玉米）、油料作物（花生和大豆）和蔬菜（豆類、黃瓜和番茄）相比，在修復(fù)土壤Cd2+污染方面具有天然優(yōu)勢，避免了Cd2+進(jìn)入食物鏈的風(fēng)險。因此，探究棉花響應(yīng)鎘脅迫的調(diào)控機(jī)制至關(guān)重要。2024年1月16日，中國農(nóng)業(yè)

DAP-seq助力揭示轉(zhuǎn)錄因子在草地貪夜蛾Bt抗性中重要作用2024/04/25: 2024年4月6日，武漢生物工程學(xué)院生命科學(xué)與技術(shù)學(xué)院劉磊磊課題組在InternationalJournalofBiologicalMacromolecules（中科院一區(qū)，影響因子8.2）期刊在線發(fā)表了“ContributionofthetranscriptionfactorSfGATAetoBtCrytoxinresistanceinSpodopterafrugiperdathroughreductionofABCC2expression”的研究論文。該團(tuán)隊利用DAP-seq等技術(shù)闡明了轉(zhuǎn)錄

DAP-seq與RNA-seq聯(lián)合分析助力揭示AvERF73參與調(diào)控低氧應(yīng)答和甲羥戊酸途徑2024/04/24: 澇害（Waterlogging）是長期陰雨或暴雨后，由于地表積水，地面徑流不能及時排除，積水深度過大，時間過長，造成作物根部氧氣不足，并產(chǎn)生乙醇等有毒有害物質(zhì)，從而影響作物生長，甚至造成作物死亡，造成農(nóng)業(yè)減產(chǎn)的災(zāi)害。獼猴桃（ActinidiachinensisPlanch）也稱奇異果，原產(chǎn)于中國。目前已經(jīng)躋身于世界主流消費水果之列。獼猴桃可以預(yù)防老年骨質(zhì)疏松，防治動脈硬化，改善心肌功能，防治心臟病，也能對抗癌起作用。2024年2月2日，中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院鄭州果樹研究所果樹生長發(fā)育與質(zhì)量控制重點實驗室

文章分享：應(yīng)用Ribo-seq技術(shù)量化tRNA對乳腺癌細(xì)胞轉(zhuǎn)移的調(diào)控2024/04/10: 技術(shù)簡介Ribo-seq，又稱為RibosomeProfiling或者翻譯組測序，能夠?qū)εc核糖體結(jié)合并正在被翻譯的約30nt的mRNA片段進(jìn)行測序，詳細(xì)檢測體內(nèi)的翻譯狀態(tài)，Ribo-seq是連接轉(zhuǎn)錄組學(xué)與蛋白質(zhì)組學(xué)之間的橋梁。該技術(shù)可構(gòu)建癌細(xì)胞全基因組水平上蛋白翻譯圖譜，量化蛋白質(zhì)翻譯效率，為基因表達(dá)轉(zhuǎn)錄后調(diào)控研究提供支持。2016年發(fā)表在Cell上的“ModulatedExpressionofSpecifictRNAsDrivesGeneExpressionａndCancerProgressi

DAP-SEQ體外蛋白表達(dá)載體構(gòu)建protocol2024/03/26: 在表觀遺傳學(xué)研究中，尋找轉(zhuǎn)錄因子的調(diào)控位點是困擾科學(xué)家的難題，經(jīng)典的ChIP-seq技術(shù)存在很多弊端，最主要的是抗體問題，對于非模式植物更難入手。與ChIP-seq相比，DAP-seq將蛋白質(zhì)體外表達(dá)技術(shù)與高通量測序技術(shù)相結(jié)合，不需要針對每個轉(zhuǎn)錄因子制備特異性抗體，所以DAP-seq具有快速、高通量、節(jié)約時間成本等顯著優(yōu)勢。DAP-seq是研究非模式植物順反組和表觀組的有力技術(shù)，大大擴(kuò)展和加深了科學(xué)家們研究的轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點信息。它能夠捕獲全部轉(zhuǎn)錄結(jié)合位點，因此能獲得完整的密碼本。并且，DAP-

DAP-seq新技術(shù)助力轉(zhuǎn)錄因子研究2024/03/06: 一、DAP-Seq（DNA親和純化測序）技術(shù)問世2016年5月，來自美國Salk研究所的科學(xué)家們在Cell期刊發(fā)表題為“CistromeａndEpicistromeFeaturesShapetheRegulatoryDNALandscape”的文章（IF=28.71）。該研究開發(fā)了一項新技術(shù)：DAP-Seq（DNA親和純化測序），用于快速繪制轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控靶向DNA區(qū)域的圖譜：順反組（cistrome）的蛋白質(zhì)結(jié)合區(qū)域的景觀圖。構(gòu)建完整的順反組和表觀組圖譜（epicistromemaps）是闡明生

Ribo-seq：檢測正在翻譯的mRNA信息，連接轉(zhuǎn)錄組學(xué)與蛋白質(zhì)組學(xué)的橋梁2024/03/05: 技術(shù)原理蛋白質(zhì)是生命活動的主要承擔(dān)者,翻譯調(diào)控又是細(xì)胞內(nèi)重要的調(diào)控方式。翻譯是核糖體讀取mRNA模板來指導(dǎo)蛋白質(zhì)合成的過程,是基因表達(dá)的關(guān)鍵步驟。翻譯的過程受到嚴(yán)格的調(diào)控,很多疾病與翻譯異常相關(guān),比如神經(jīng)退行性疾病、貧血癥和發(fā)育障礙等。雖然核糖體的結(jié)構(gòu)與功能研究的比較透徹,但是對于翻譯過程的調(diào)控機(jī)理還需要深入研究。核糖體印跡測序(Ribosomeprofiling,Ribo-seq)，能夠詳細(xì)檢測體內(nèi)的翻譯狀態(tài)。Ribo-seq的技術(shù)核心是識別與核糖體結(jié)合的mRNA以及正在被翻譯的約30個核苷酸

DAP-seq鑒定BcERF070下游靶基因，揭示乙烯調(diào)控小白菜開花機(jī)制2024/02/22: 不結(jié)球白菜（Pak-choi），俗稱小白菜，是一種原產(chǎn)于中國的多葉狀蔬菜，已逐漸在世界范圍內(nèi)種植。小白菜易于早熟的特性，限制了生長發(fā)育和產(chǎn)量積累。因此，了解小白菜的開花調(diào)控機(jī)制對育種和產(chǎn)業(yè)具有重要意義。2024年1月25日，南京農(nóng)業(yè)大學(xué)白菜系統(tǒng)生物學(xué)實驗室的研究成果發(fā)表在PlantPhysiology期刊上（影響因子7.4），題目為“ETHYLENERESPONSEFACTOR070inhibitsfloweringinPak-choibyindirectlyimpairingBcLEAFYex

DNA pull down技術(shù)助力揭示AP2/ERF類轉(zhuǎn)錄因子提高芍藥耐高溫能力的分子機(jī)制2024/01/31: 芍藥是一種傳統(tǒng)的中藥材，并且具有欣賞價值，其生長發(fā)育經(jīng)常受到高溫脅迫的影響。褪黑素是一種內(nèi)源性微分子吲哚胺化合物，在各種生物體中具有多種生理功能，大量研究表明調(diào)節(jié)與褪黑素生物合成相關(guān)的基因來提高植物對高溫的耐受性。之前的研究中PlTDC被確定為P.lactiflora中褪黑素生物合成的關(guān)鍵基因。然而，關(guān)于內(nèi)源性褪黑素與P.lactiflora耐高溫之間的關(guān)系以及潛在的遺傳機(jī)制的更深入的研究尚未報道。2022年5月19日，揚州大學(xué)園藝與植物保護(hù)學(xué)院陶俊和趙大球教授團(tuán)隊共同在Plant,Cell&E

應(yīng)用HaloTag pull-down技術(shù)鑒定了與胡楊CPK21互作的重金屬脅迫相關(guān)蛋白2024/01/29: 鎘(Cd)污染因其毒性在全球范圍內(nèi)造成了嚴(yán)重的生態(tài)問題，重金屬對植物造成的傷害除了離子毒害效應(yīng)，還會影響植物的水分狀況，造成植物生理干旱。當(dāng)前，干旱也已成為全球農(nóng)林業(yè)生產(chǎn)和發(fā)展的重大威脅。胡楊（Populuseuphratica）是廣泛分布于我國西北干旱、鹽堿地區(qū)的一種高大喬木，具有很強(qiáng)的抗旱耐鹽能力，并且能夠吸收和積累重金屬，是研究樹木抗逆生理和分子機(jī)制的重要模式樹種。鈣(Ca2+)是植物感知生物和非生物脅迫的典型信號分子，Ca2+信號和cpk對廣泛的環(huán)境刺激做出反應(yīng)，并協(xié)調(diào)信號網(wǎng)絡(luò)和生理反應(yīng)

轉(zhuǎn)錄因子PpNAC1和DNA去甲基酶PpDML1協(xié)同調(diào)控桃果實成熟2024/01/22: 2023年11月22日，浙江大學(xué)張波教授課題組研究成果，發(fā)表在PlantPhysiology期刊上（影響因子7.4），文章題目為TranscriptionfactorPpNAC1ａndDNAdemethylasePpDML1synergisticallyregulatepeachfruitripening。該研究使用了DNA親和純化測序（DAP-seq）技術(shù)鑒定了PpNAC1轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合基序和靶基因。研究發(fā)現(xiàn)轉(zhuǎn)錄因子PpNAC1和DNA去甲基酶PpDML1協(xié)同調(diào)節(jié)桃果實中乙烯合成、果肉軟化和風(fēng)

DAP-seq技術(shù)助力揭示MdBPC2轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控生長素的合成從而調(diào)控蘋果性狀2024/01/15: 植物生長素（IAA）在植物生長發(fā)育過程中起著重要的作用。其化學(xué)本質(zhì)是吲哚乙酸。主要作用是使植物細(xì)胞壁松弛，從而使細(xì)胞生長伸長，在許多植物中還能增加RNA和蛋白質(zhì)的合成。目前BARLEYBRECOMBINANT/BASICPENTACYSTEINE(BBR/BPC)轉(zhuǎn)錄因子家族在擬南芥和水稻中已被證實能促進(jìn)誘導(dǎo)植物矮化(Sazukaetal.2009;Lietal.2008Monfaredetal.2011;Simoninietal.2012;Petrellaetal.2020)，然而在蘋果中，B

DAP-seq技術(shù)在R2R3-MYB轉(zhuǎn)錄因子LmMYB15調(diào)控金銀花分子機(jī)制研究中的應(yīng)用2023/11/15: 綠原酸(CGA)是灰氈毛忍冬(Loniceramacranthoides，別稱：金銀花)最重要的活性藥物成分，在醫(yī)學(xué)領(lǐng)域?qū)μ烊籆GA的需求急劇增長。雖然CGA生物合成的關(guān)鍵基因已有報道，但其轉(zhuǎn)錄調(diào)控機(jī)制在很大程度上仍然是未知的。因此，研究CGA生物合成的分子調(diào)控機(jī)制對于利用基因工程技術(shù)培育高CGA含量的金銀花新品種具有重要意義。2021年4月29日，重慶文理學(xué)院園林與生命科學(xué)學(xué)院陳澤雄教授的研究成果，發(fā)表在植物科學(xué)領(lǐng)域的學(xué)術(shù)期刊PlantScience上，文章題目為“AR2R3-MYBtrans

DAP-seq技術(shù)在ScAIL1靶向調(diào)控DELLA參與GA和JA信號通路的應(yīng)用2023/11/15: 2022年8月20日，廣西大學(xué)亞熱帶農(nóng)業(yè)生物資源保護(hù)與利用國家重點實驗室和廣西甘蔗生物學(xué)重點實驗室的最新研究成果，在學(xué)術(shù)期刊JournalofExperimentalBotany上發(fā)表，文章題目為“ScAIL1modulatesplantdefenseresponsesbytargetingDELLAａndregulatingGAａndJAsignaling”。該期刊的影響因子為7.298。該研究使用DAP-seq技術(shù)鑒定了甘蔗ScAIL1轉(zhuǎn)錄因子靶向ScGAI啟動子區(qū)域的結(jié)合基序，進(jìn)一步研究表

DAP-seq技術(shù)揭示花生中AhTWRKY24和AhTWRKY106轉(zhuǎn)錄因子下游調(diào)控基因2023/11/03: 2023年6月4日，青島農(nóng)業(yè)大學(xué)草業(yè)學(xué)院宋輝教授課題組的研究成果，發(fā)表在OilCropScience期刊上，文章題目為IdentificationofthetargetgenesofAhTWRKY24ａndAhTWRKY106transcriptionfactorsrevealstheirregulatorynetworkinArachishypogaeacv.TifrunnerusingDAP-seq。該研究使用DNA親和純化測序（DAP-seq）技術(shù)鑒定了AhTWRKY24和AhTWRKY1

DAP-seq助力揭示YABBY11轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控楊樹葉形自然變異的分子機(jī)制2023/10/30: 2023年3月，北京林業(yè)大學(xué)生物學(xué)院宋躍朋教授課題組的研究成果發(fā)表在了PlantPhysiology期刊上（影響因子7.4），文章題目為“Enhancedgenome-wideassociationrevealstheroleofYABBY11-NGATHA-LIKE1inleafserrationdevelopmentofPopulus”的研究論文。該研究使用DNA親和純化測序(DAP-seq)技術(shù)鑒定了楊屬YABBY11轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合基序和靶基因。發(fā)現(xiàn)YABBY11與楊樹葉形自然變異顯著關(guān)聯(lián)

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